Sobekemsaf II là con trai của Sobekemsaf I. Hoàng hậu Nubemhat, vợ chính của Sobekemsaf I, bà biết đến qua tấm bia của hoàng tử Ameni[1] (con của hoàng hậu Haankhes với một pharaon không rõ, có thể là Sekhemre-Heruhirmaat Intef, sau lấy Sobekemheb) với một tên hiệu duy nhất "Người vợ hoàng gia vĩ đại", và chỉ được đề cập là mẹ của công chúa Sobekemheb[2]. Vì thế bà có lẽ không phải là mẹ đẻ của Sobekemsaf II.

Sobekemsaf có 2 người con trai, về sau đều kế vị ông trở thành vua, là Sekhemre-Wepmaat Intef và Nubkheperre Intef, dựa vào văn bản trên rầm cửa của một ngôi đền ở Gebel-Antef, xây dựng bởi Nubkheperre[3]. Sử sách không nhắc đến mẹ của cả hai. Theo 2 cuộn giấy Papyrus Abbott và Leopold II-Amherst Papyrus, người vợ chính thức của Sobekemsaf là hoàng hậu Nubkhaes. Không có bằng chứng nào cho thấy mối liên hệ giữa bà và các người con của Sobekemsaf II.

Vào triều đại thứ 13, cũng có một hoàng hậu tên Nubkhaes. Điều này từng khiến người ta lầm tưởng Sobekemsaf II là vua của thời này. Một tấm bia đá của một hoàng hậu tên Nubkhaes hiện đang được trưng bày tại Bảo tàng Louvre, tuy nhiên người chồng của bà lại không được đề cập[4].